A medida que avanzan en el juego, el Profesor Layton y Luke exploran la villa y se encuentran con sus habitantes, cada uno con sus propias historias y desafíos. Los capítulos 2 y 3 presentan nuevos puzzles y acertijos que deben ser resueltos para desbloquear nuevas áreas de la villa. Estos capítulos profundizan en la historia de la villa y presentan a algunos de los personajes clave que ayudarán o obstaculizarán el progreso de los protagonistas.